Les personnels exerçant en établissement perçoivent la part fixe de l’ISOE. Ceux exerçant en service académique ou départemental sont soumis au Régime indemnitaire tenant compte des fonctions, des sujétions, de l’expertise et de l’engagement professionnel (Rifseep).
Les personnels ayant la certification et exerçant en MLDS percevront une indemnité spécifique de 844,10 euros (annuel). Suite aux interventions de la FSU, le ministère a enfin décidé de valoriser des compétences professionnelles spécifiques pour exercer en MLDS en créant la certification et en lui adossant une indemnité spécifique de fonction.